"تصفيه شدگان" که اشرف دهقانی، فريبرز سنجری و تني ديگر که از طرفداران مصاحبه با اشرف دهقانی را شامل می شد، در جريان جدايی و پس از آن به شدت تضعيف شده بودند. اما، ضرباتی که به چفخا- آرخا در شمال و مرکز وارد شد و بدنبال آن نوعی سر درگمی و انفعال سراسرسازمان را فرا گرفت، شرايط برای تقويت آن ها فراهم گشت. آن ها کوشيدند با استفاده از شرايط نابسامان در چفخا- آرخا، به مسايل مورد اختلاف، از نظر خود، بپردازند. باين ترتيب توانستند برخی را به خود جلب کنند. اين وضعيت چندان ادامه نيافت و بحران های مختلف تشکيلاتی و سياسی در جريان چفخا نيز موجب انشعاب ها و اخراج ها گرديد. اولين جريان که جدايی خود از چفخا را اعلام نمود، "چريک های فدايی خلق ايران- هرمزگان" (از اين پس چفخا- هرمزگان) بود. اين جريان که دارای پتانسيل مبارزاتی قابل توجهی در استان هرمزگان و سيستان و بلوچستان بود و هم در زمينه سياسی و هم نظامی نفوذ وسيعی در اين منطقه داشت، در اعلاميه ای که در تاريخ تيرماه 1361 منتشر کرده بود، "عدم رابطه تشکيلاتی و همسويی در خط مشی مبارزاتی خود را با چريک های فدايی خلق ايران اعلام" کرده است. همين موضع را در مورد چفخا- آرخا نيز ذکر کرده است. چفخا مانند ساير جريانات سياسی که در کردستان مستقر شده بودند، از بحرانی به بحران ديگر دستخوش اخراج، انشعاب و جدايی های فردی و گروهی گرديد که از هيچکدام اثر نوشته شده ای در دست نيست.

آخرين و بزرگترين جدايی در اين جريان مربوط به بخش خارج از کشور و هواداران آن در اروپا و امريکا در سال 1364 است که ماحصل آن ايجاد جريانی به نام "پيروان جنبش نوين کمونيستی ايران (مبارزه مسلحانه- هم استراتژی، هم تاکتيک)" بود. مسئول روابط خارجی چفخا به دليل انتقادهايی که به سياست، روابط  تشکيلاتی و فقدان اصول و ضوابط کمونيستی در سازمان داشت، پس از مدت ها بحث و انتقاد، سرانجام "رهبری" وضع او را تحمل نکرد و به جای پاسخ به مسايل مطرح شده  و اتخاذ شيوه های مناسبی برای حل مسايل و مشکلات سازمان، به بهانه های واهی او را "قيچی" کرد. منتها چون مسئول روابط خارجی سازمان بحث ها و اختلافات سياسی را از طريق "نشريه تئوريک درونی" هواداران چفخا به بحث گذاشته بود، هواداران ماهيت امر با خبر بودند نسبت به اقدام خودسرانه رهبری اعتراض کردند و پس از مدتی بخش اعظم آنها با انتشار نشريه ای تحت عنوان "نبرد نوين" جدايی خود را از چفخا اعلام کردند.

در مهر ماه سال 1364"پيروان جنبش نوين کمونيستی ايران" جزوه ای به نام "ديدگاه ها و مواضع ما" منتشر ساختند که در برگيرنده ی تحليل آن ها از شرايط ايران، جنبش کمونيستی ايران و جهان و نقد چفخا بود»

مهدی سامع از زمره کسانی است که در رابطه با مجموعه انشعابات مجموعه ی "فدايی" اطلاعات وسيع و گسترده ای ارائه می دهد:

«در "چريكهاي فدايي خلق ايران" بر سر چگونگي مبارزه مسلحانه با رژيم خميني اختلاف نظرهايي كه وجود داشت شدت گرفت. فدايي شهيد رفيق محمد حرمتي پور و تعدادي ديگر منجمله فدايي شهيد رفيق رحيم صبوري معتقد بودند كه نظرات رفيق اشرف دهقاني راست روانه است و پس از چندي به علت اين كه نمي توانند به توافق دست يابند در اين جريان انشعاب مي شود. محمد حرمتي پور و رفقاي هم نظر او فعاليت مستقلي با نام "چريكهاي فدايي خلق ايران - ارتش رهائيبخش خلقهاي ايران" را آغاز كردند. اينان معتقد به مبارزه مسلحانه در روستا و توجه به مسأله دهقاني بودند. رفيق محمد حرمتي پور همراه با تعدادي ديگر از رفقايش در جنگلهاي مازندران مستقر شدند و پس از چند عمل نظامي طي يك درگيري با مزدوران رژيم خميني به شهادت رسيدند. رفيق اشرف دهقاني و طرفداران او به همان صورت قبلي و به نام "چريكهاي فدايي خلق ايران" به فعاليت ادامه دادند. در سال 60 با وجود ضرباتي كه به هر دوي اين جريان مي خورد، اما فعاليت آنان ادامه پيدا مي كند. اين دو جريان پس از ضربه خوردن در سال 60 عمده فعاليت خود را به كردستان ايران (كه در آن شرايط مناطق آزاد شده بسيار داشت) منتقل مي كنند و به فعاليت ادامه مي دهند. در سال 1361 شاخه هرمزگان "چريكهاي فدايي خلق ايران" از آنها جدا شده و مدتي به نام "چريكهاي فدايي خلق ايران - هرمزگان" فعاليت مي كردند و بعد كاملاً فعاليت آنان خاتمه يافت. از "چريكهاي فدايي خلق ايران - ارتش آزاديبخش خلقهاي ايران" هم يك گروه نسبتاً بزرگ جدا شده و به حزب كمونيست ايران پيوستند. با پيش آمدن ماجراي اشغال كويت و پس از آن، جنگ خليج فارس، هر دوي اين جريان كه از سال 1362 در خاك كردستان عراق مستقر بودند، آن جا را ترك كردند و براي مدتي فعاليت بيروني نداشتند. "چريكهاي فدايي خلق ايران" طي دو سال اخير انتشار نشريه "پيام فدايي" را از سر گرفته اند ولي "چريكهاي فدايي خلق ايران - ارتش رهائي بخش خلقهاي ايران" از آن تاريخ تاكنون در حالي كه رسماً خود را منحل نكرده اند، اما فعاليت بيروني هم نداشته اند»

هنوز مدت زمان زيادی از اخراج (انشعاب) «چريک های فدايی خلق ايران» از سازمان نگذشته بود، سازمان فدايی در کردستان و ترکمن صحرا در مقابل رژيم مسلحانه ايستاده بود و در نقاط ديگر کشور در تلاشِ شکل دهی به نهادهای توده ای بود، در عين اين که هنوز حتی تاريخ و گذشته ی خود را مورد بررسی ای انتقادی قرار نداده و هنوز روشن نبود که همچنان سازمانی «سياسی – نظامی» است يا اينکه مقدمات گذار به سازمانی سياسی را آماده کرده است. در تابستان 1359مقدماتِ تقسيم بزرگ اين سازمان به دو جناح اکثريت و اقليت نهاده شد. مهدی سامع اين روند را اين گونه به تصوير می کشد:

«در تابستان سال 1358 اولين پلنوم سازمان تشكيل و در اين پلنوم اقليت و اكثريت از نظر عملي شكل گرفتند. در جريان رويدادهاي سال 1358 و پس از اشغال سفارت آمريكا به وسيله دانشجويان خط امام، جناح فرخ نگهدار، از فرصت استفاده نموده و نظرات خود مبني بر تائيد "خط ضد امپرياليستي امام خميني" را به كرسي نشاند و بدين ترتيب جريان اقليت در درون سازمان در مخالفت با مشي سياسي فرخ نگهدار شكل گرفت و سرانجام در خرداد 1359 انشعاب اكثريت و اقليت به وقوع پيوست».

از گروه هايی که در اين دوران در کنار سازمان چريک های فدايی خلق به فعاليت می پرداخت، «راه فدايی» بود، مهرداد باباعلی از مسئولين اين گروه در معرفی «راه فدايی» و همينطور پروسه ی شکل گيری اقليت را چنين بازگو می کند: